Se forma en la Escuela de Artes y Oficios de Granada y, muy pronto, se traslada a Madrid para estudiar en la Escuela Superior de Bellas Artes de San Fernando, en la que tiene como profesor a Daniel Vázquez Díaz. En 1942 es becado por la Casa de Velázquez y, tres años después, por gobierno francés, momento en el que se traslada a París. Allí conoce la vanguardia europea y la obra de los pintores españoles de la denominada Escuela de París. A partir de entonces, su obra se puebla de ecos vanguardistas y signos picassianos que irá abandonado en los primeros años de la década de los cincuenta cuando descubre el expresionismo abstracto en Nueva York. Instalado desde 1950 en aquella ciudad entabla contacto con la galería Betty Parssons y, en 1954, ya expone junto a la obra de Joan Miró en el Art Club of Chicago. Esta muestra supuso para José Guerrero un reconocimiento internacional. La estética de su obra cambia por completo, influida por el expresionismo abstracto de Rothko y la action painting de Kline. Las composiciones de José Guerrero manifiestan una tensión vital entre espacios, colores y objetos irreconocibles. En 1965 regresa a España. Participa en la creación del Museo de Cuenca. En 1966 realiza una de sus composiciones más conocidas La Brecha de Viznar, inspirada en la obra de Federico García Lorca. Muy pronto, vuelve a Nueva York aunque continuará viajando a España. Su producción continúa teniendo como protagonistas las masas de color, los planos y las líneas que, en ocasiones, dialogan con la obra de Clyfford Still o Barnett Newman. Reconocido como uno de los pintores españoles más importantes de la Escuela de Nueva York, la trayectoria de José Guerrero es muy pronto reconocida y en 1959 es nombrado por el gobierno francés Caballero de la Orden de las Artes y las Letras. En 1976 se celebra en su ciudad natal su primera exposición antológica; en 1984 recibe la Medalla de Oro a la Bellas Artes y en 1989 es condecorado por la Fundación Rodríguez Acosta.